扁平疣的药物治疗分为中药和西药两种，虽然各自都有各自的效果，但是不是很明显。

中药：口服中药的方法。由于从口服到内脏吸收到达皮肤，药力损耗大，这种口服中药的扁平疣的治疗方法运用扶正祛邪的原理，不是直接杀灭病毒，所以效果并不理想，并且要长期连续服用几十天，一般人很难坚持。目前为止，还没有统一的方剂治疗扁平疣。

西药：分为局部和全身用药，应根据不同患者、不同部位、皮损数目、大小等选用不同方法。对早期数目不多的扁平疣的治疗，可根据医生指导选用3%酞丁、胺霜外用、或阿达帕林霜外用、氟尿嘧啶软膏外搽。广州扁平疣治疗医院指出，对数目多或久治不愈者可选用聚肌胞注射液、左旋咪唑片、卡介苗提取素注射液等免疫制剂全身用药。但是西药对基因和免疫力没有任何改变，容易在次复发扁平疣。

医生指出，扁平疣的危害其实不小。可是，在现实生活中，仍然不以为然。以为，患了扁平疣简单买点药物就能治疗。对此，长沙肤康医院医生指出，及时要使用药膏治疗扁平疣也应在医生的指导下用药。

扁平疣是一种易传染的皮肤病，且扁平疣的治疗没有什么药。现代人们只要一听到传染病便会手足无措，到处寻找药，对于扁平疣也是。其实扁平疣的治疗并没有什么效果显着的药物，也没有所谓一治就好的扁平疣的偏方，到正规的医院治疗才是好选择。