灰指甲一般是由皮肤癣菌和非皮肤癣菌等真菌感染引起的甲病，其中约有一半以上的患者是由皮肤癣菌感染而引起的，这类患者治率较高，可达到90%。

可引起灰指甲的真菌有很多种，比较常见的是红色毛癣菌、石膏样毛癣菌、絮状表皮癣菌等。白色念珠菌、黄曲霉菌、熏烟色曲霉菌常发生在甲营养不良的情况下。许兰毛癣菌、紫色毛癣菌、断发毛癣菌、玫瑰色毛癣菌及同心性毛癣菌也可致甲癣。这些真菌就存在于我们生活的环境中，它们喜欢在温暖潮湿的环境中大量繁殖，如土壤、浴池、游泳池的地面，以及动物和人体的身上。

灰指甲很常见，常继发于手、足癣或其他真菌病。真菌感染甲周围的皮肤角质层，然后逐渐蔓延到甲床、甲板，从而引起灰指甲。灰指甲多数从甲的游离端或两侧开始，早期在甲板上先出现白色或乳白色的小点，然后延伸成片，在逐渐慢慢扩展，直至累及整个甲板。甲板会出现变色、变形、增厚、失去光泽、局部凹陷或隆起。如果真菌侵犯了甲板下的甲床，甲的质地就会便得松散，变成了充填碎屑的虫蛀状。